1.浙江海正集团生物药物联合实验室：微生物所和浙江海正集团与2005年8月份在北京签署了共建联合实验室的合作协议，双方将在生物药物的开发和应用方面联合攻关。2006年3月份，联合实验室工作人员召开了第二次工作会议，确定了联合实验室以后的工作思路和发展方向，进一步微生物所和海正集团的研究开发合作工作。

2.浙江银象生物工程有限公司生物活性物质联合实验室：2006年1月，微生物研究所与浙江银象生物工程有限公司共同建立了生物活性物质联合实验室，将就“乳酸链球菌素”进行更深层次的开发和研究。之前微生物所与浙江银象已经有十余年的合作基础，双方共建的年产150吨的全球最大的乳链菌肽生产厂，使得银象的产品市场占有率达全世界第一。此次共建联合实验室将对双方保持长期合作起着积极的推动作用。

3.2006年1月，微生物研究所和北京基因组研究所共同组建了“微生物基因组学联合研究中心”，目前我国微生物基因组学的研究尚无完整、长期的规划，科研工作尚处在起步阶段。如何充分利用我国丰富的微生物资源和已有的基因组学研究成果，深入开展微生物基因组研究，以满足国家在能源、环境、人口健康与医药、生物新材料、农业等领域的战略需求是我们面临的重大课题。微生物所和北京基因组研究所是国内微生物资源研究和基因组学研究领域综合实力最强的研究机构，双方强强联合、优势互补必将开创我国微生物基因组学研究的新纪元。